Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut (Lantamal) II merupakan pemekaran dari Pangkalan TNI Angkatan Laut (Lanal) Kelas B Teluk Bayur bermarkas di Jalan Sutan Syahrir Bukit Putus Teluk Bayur Padang. Sebelum dimekarkan menjadi Lantamal II, administratif dan pembinaan Lanal Teluk Bayur berada di bawah Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut (Lantamal) I.
Pada tanggal 1 Agustus 2006 Lanal Teluk Bayur secara resmi telah dimekarkan menjadi Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut (Lantamal) II. Hal ini bertujuan dalam rangka pengendalian laut di kawasan strategis bagian Barat Pulau Sumatera dan untuk meningkatkan kemampuan Pangkalan TNI Angkatan Laut dalam mendukung satuan operasional di kawasan ini. Dasar dari pembentukan Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut (Lantamal) II adalah:
1. Surat Panglima TNI Nomor B/2100-08/16/02/Sru tanggal 5 Juli 2006 tentang Persetujuan Peningkatan Lanal menjadi Lantamal.
2. Keputusan Kasal Nomor Kep/9/VII/2006 tanggal 6 Juli 2006 tentang Likuidasi Pangkalan TNI Angkatan Laut Kelas B Teluk Bayur.
3. Keputusan Kasal Nomor Kep/11/VII/ tanggal 18 Juli 2006 tentang Pembentukan Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut (Lantamal) II.
Dengan diresmikannya Lantamal II, administratif dan pembinaan berada di bawah Komando Armada RI kawasan Barat (Koarmabar) dengan struktur Organisasi Lantamal II saat ini meliputi unsur pemimpin Komandan Lantamal II di disingkat Danlantamal II dijabat oleh seorang Pati Bintang Satu, Wakil Komandan Lantamal II di singkat Wadan Lantamal II, unsur Pembantu Pemimpin/Staf yaitu Staf Perencanaan dan Anggaran/Srena Lantamal II, Staf Intelijen/Sintel Lantamal II, Staf Operasi/Sops Lantamal II, Staf Logistik/Slog Lantamal II, unsur pelayanan Detasemen Markas Komando/Denma Mako Lantamal II, Akun Lantamal II, Sekretariat/set Lantamal II, unsur pelaksanan pusat Dispen Lantamal II, Diskum Lantamal II, Dispotmar Lantamal II, Disminpers Lantamal II, Diskes Lantamal II, Disbek Lantamal II, Disfaslan Lantamal II, Disharkan Lantamal II, Dissyahal Lantamal II, Disang Lantamal II. Unsur pelaksanan pembinaan/teknis Satkom Lantamal II, Pomal Lantamal II, Rumkit Lantamal II, Satkamla Lantamal II, Tim Intel Lantamal II, Yonmarhanlan II Padang. Satuan pelaksanan dukungan Lanal Bengkulu, Lanal Sibolga, Lanal Nias dan Lanal Persiapan Mentawai dan pos angkatan laut.
Dengan luas wilayah kerja Lantamal II Padang yang luas meliputi pantai Barat Sumatera dengan Markas Komando berkedudukan di Padang – Sumatera Barat, Pangkalan sebagai salah satu komponen Sistem Senjata Armada Terpadu (SSAT) merupakan pendukung yang memberikan bermacam bentuk dukungan kepada unsur-unsur SSAT lainnya, baik kapal, pesawat udara maupun marinir.
Selaku komando pelaksana dukungan/Kolakduk Koarmabar, Lantamal II Menyelenggarakan dukungan logistic dan administrasi bagi unsur-unsur TNI AL, pembinaan potensi nasional menjadi kekuatan pertahanan kemanan Negara di bidang maritime, pembinaan territorial matra laut serta tugas-tugas lain berdasarkan kebijakan Kasal.
dalam pelaksanaan tugasnya pangkalan Utama TNI Angkatan Laut menyelenggarakan fungsi-fungsi sebagai berikut :
1. Fungsi penyelenggara dukungan logistic dan administrasi meliputi : menyediakan fasilitas labuh, sandar dan pangkalan bagi kapal perang, pesawat udara dan marinir, melaksanakan perawatan personel termasuk penampungan, perumahan, pelayanan serta dukungan kesehatan, angkutan, rekreasi, penegakan dan pembinaan tata tertib serta disiplin, pembinaan mental dan jasmani serta bantuan hukum.
2. Fungsi keamanan laut meliputi : melaksanakan pembinaan kemampuan guna meningkatkan kesiapan unsur-unsur Kamla organiknya, menyelenggarakan pengendalian unsur kamla/KAL yang beroperasi termasuk instansi lainnya yang di BKO kan, membantu SAR di laut, penyelamatan dan penanggulangan bencana alam.
3. Fungsi penyelenggaraan Binpotnaskuatmar meliputi : menyelenggarakan pembinaan potensi nasional menjadi kekuatan pertahanan keamanan Negara dan pembinaan masyarakat nelayan dan desa pesisir bagi kepentingan Hankamneg bidang maritime, melaksanakan koordinasi dengan pemda dan komponen kekuatan maritime terkait dalam rangka pelaksanaan pembinaan.
4. Fungsi penyelenggara Bintermatla meliputi : melaksanakan pembinaan territorial matra laut terhadap wilayah dan masyarakat maritime, melaksnakan pembinaan Pramuka Saka Bahari dan Bintal Juang Remaja bahari, Mengembangkan olahraga laut dan perairan
Sejak diresmikan hingga saat ini Lantamal II telah beberapa kali mengalami pergantian Komandan.